БГПУ имени Мифтахетдина Акмуллы был создан в Уфе 9 января 1967 (по другим данным 18 января) года как институт. Первый учительский институт в республике был создан в 1909 году. С 1919 года он был преобразован в институт народного образования, в состав которого входили четыре факультета: социально-исторический, биолого-географический, физико-математический и литературно-лингвистический. Это учебное заведение повышенного типа готовило учителей школ и техникумов.
С 1923 года институт получил название «Практический» и стал дополнительно готовить специалистов сельского хозяйства. В 1929 году на его базе был создан Башкирский государственный педагогический институт им. Тимирязева, преобразованный в 1957 году в Башкирский государственный университет. Однако потребность в развитии высшего педагогического образования, в подготовке учительских кадров высокой квалификации была высока. К тому времени менее трети учителей республики имели высшее образование. По многим специальностям вообще не велось подготовки. Вновь созданный Башкирский государственный педагогический институт успешно справился с этой задачей.
В 1976 году он был признан вузом первой категории. А в 2000 году институт переименован в Башкирский государственный педагогический университет, и в 2006 году ему было присвоено имя М. Акмуллы.
В 1986 году студенты исторического факультета Башкирского государственного педагогического института под руководством археолога Пшеничнюка раскопали в Оренбургской области Филипповские курганы и обнаружили золото сарматов — 26 золотых оленей, датируемых V—IV веками до нашей эры.
В вузе ведётся выпуск бакалавров, специалистов и магистров по 37 специальностям моноуровневой и 14 направлениям двухуровневой подготовки высшего профессионального образования. Подготовка аспирантов ведётся по 31 специальности и докторантов — по 3 специальностям. В вузе действует 2 совета по защите докторских диссертаций.
В университете ежегодно издаётся более 130 учебников, учебных пособий, монографий. Выпускаются журналы «Педагогический журнал Башкортостана», «Вестник Башкирского государственного педагогического университета им. М. Акмуллы», «Бюллетень по научно-исследовательской работе Башкирского государственного педагогического университета им. М. Акмуллы», межвузовские сборники «Культура и образование», «Система непрерывного образования: школа-педколледж-педвуз», «Учёные записки физико-математического факультета».
Имеется библиотечно-информационный центр, медиатека, музей истории педагогического университета, производственные и художественные мастерские, санаторий-профилакторий, спортивно-оздоровительный комплекс и лагерь «Росинка», дом физической культуры «Буревестник» и др.
Ректоры:
На территории университета установлен памятник поэту-просветителю М. Акмулле (2008).